В военкомате сказали, что заявление на АГС надо подавать за полгода до того времени, когда гражданин подлежит призыву, что я пропустил срок подачи заявления и мне уже поздно подавать заявление на АГС. Правда ли это?

Не совсем так. Требование подавать заявление за полгода действительно содержится в части 1 статьи 11 ФЗ «Об альтернативной гражданской службе»: до 1 апреля – те, кто подлежит призыву в октябре-декабре текущего года, до 1 октября – те, кто подлежит призыву в апреле-июне следующего года. Однако большинство граждан подает заявление с пропуском сроков.
Сам по себе пропуск сроков не может служить основанием для отказа в приеме и регистрации заявления. Отказ может быть дан на основании пропуска сроков, но сделать это может только призывная комиссия на заседании в присутствии призывника.
Самое главное – вы должны четко осознавать, что ваше право на альтернативную гражданскую службу закреплено в главном законе страны – Конституции РФ, и вы не лишены этого права, а также права защищать свои права и свободы всеми не запрещенными законом способами (статья 45 Конституции РФ).