Начавшаяся Великая Отечественная война советского народа против германского фашизма прервала нормальную работу в академии, вынудив ее перейти на досрочные выпуски слушателей и ускоренную трех месячную подготовку новых, необходимых фронту командиров интендантской службы.

Генерал-майор Мидовский М.П., являвшийся с января 1941 года начальником академии, в августе был назначен заместителем начальника штаба Тыла Красной Армии, а в сентябре возглавил штаб Тыла. Прежний начальник академии, генерал-майор ПД. Давыдов заменил на посту Главного интенданта Красной Армии А.В. Хрулева, утвержденного начальником Тыла Красной Армии. Начальник Учебного отдела генерал-майор Н.П. Пухов назначен командиром 304-й стрелковой дивизии, а несколько позже - командующим 13-й армией. Начальник кафедры тактики генерал-майор В.В. Цыганов в сентябре 1941 года убыл командующим 38-й армией. Начальник кафедры армейского тыла генерал-майор И.И. Трутко назначен начальником тыла 26-й армии. Начальник кафедры снабжения генерал-майор В.П. Виноградов в декабре 1941 года назначен заместителем командующего войсками Западного, а с 1944 года - 3-го Белорусского фронта по тылу. Старший преподаватель кафедры снабжения генерал-майор Н.И. Драчев с началом войны был назначен интендантом Юго-Западного фронта, а с марта 1942 года - Главным интендантом Красной Армии.

ПРИКАЗ командующего 13-й армией об организации размещения полевого госпиталя Военно-медицинской академии им. С.М. Кирова

27 января 1940 г.

Приказываю:

1. Прибывающий полевой подвижный госпиталь Военно-медицинской академии им. С.М. Кирова развернуть в районе Кивенкапа.

2. Охрану ППГВМА возлагаю на командира 136 сд, для чего выделить в распоряжение начальника госпиталя один стр. взвод, усиленный танковым взводом.

3. Начальнику инженерной службы армии произвести очистку территории расположения ППГВМА от возможно оставшихся мин противника к 10.00 28.01.

Научная и научно-изыскательская работа в войсках ПВО и учебных заведениях столкнулась с проблемами в последнее десятилетие XX века. К середине 90-х годов почти все предприятия-смежники оказались неплатежеспособными, а не внедренные в срок научные разработки через 2-3 года - уже устаревшими. Усугублялось положение еще и тем, что коллективу ЦНИИ по 3-4 месяца не выплачивали заработную плату. Офицеры, являясь высококлассными специалистами, вынуждены были подрабатывать на стороне, перебиваясь случайными заработками. Командование института закрывало на это глаза.

Без сомнения, военная наука нужна, об этом не раз заявляли руководители государственных и военных органов. Но для этого создателям современного оружия следовало создать хотя бы самые элементарные условия.

Организация научной и финансово-экономической деятельности институтов на принципах хозрасчета и самофинансирования в сложившихся условиях ограниченности средств на содержание армии и флота не только экономически не оправдывала себя, но приносила дополнительные убытки смете Министерства обороны в виде штрафов, пени, отвлечения оборотных средств.

   В военной обстановке Военно-транспортная академия должна была срочно направить часть личного состава в действующую армию и обеспечить подготовку инженеров в более короткие сроки по новым, переработанным учебным планам и программам. Предусматривалось до 31 декабря 1942 года выпустить из академии вторые-пятые курсы. Фактически пятый курс был откомандирован в действующую армию в начале июля 1941 года с выдачей дипломов об окончании академии.

В это же время в действующую армию была откомандирована большая группа руководящего и профессорско-преподавательского состава академии.

Начальник кафедры Военных сообщений бригадный инженер Г.Н. Высотский, комбриг Д.И. Танский и военинженер 1 ранга Г.М. Иосифов были назначены уполномоченными Генерального штаба Красной Армии на важнейшие железнодорожные узлы; полковник Н.Пунин утвержден заместителем начальника военных сообщений Северного флота. Старший преподаватель подполковник А.Л. Матвиевский возглавил автотранспортную и дорожную службу 55-й Армии Ленинградского фронта, а в последующем - АВТУ Юго-Западного, Сталинградского и Донского фронтов.

   Деятельность академии в Костроме совпала с периодом развертывания в стране мобилизации и обучения мощных резервов для Красной Армии. Довоенная система обучения в академии со сроком подготовки офицерского состава 4 - 5 лет для решения этой задачи не годилась. Поэтому при академии, по директиве Генерального штаба, были организованы краткосрочные курсы по подготовке военных специалистов командных инженерных кадров из лиц, окончивших гражданские ВУЗы, а также курсы усовершенствования среднего и старшего офицерского состава, призванного в армию из запаса. Основные факультеты академии вместо 4 - 5 лет были переведены на одно и двухгодичный срок обучения и комплектовались из студентов 2 - 4 курсов гражданских ВУЗов родственных специальностей. Численность курсов была значительно больше числа слушателей всех основных факультетов академии.

Основная тяжесть подготовки слушателей академии легла на плечи профессорско-преподавательского состава военно-специальных кафедр, поскольку, ввиду сокращения сроков обучения, общеобразовательные дисциплины из учебного плана были исключены.

   В связи с решающими победами Красной Армии на фронтах Великой Отечественной войны открылась возможность возвращения Академии в город Ленинград. В соответствии с приказом Народного Комиссара Обороны N 150 от 18 августа 1944 года Академия возвратилась в место прежней дислокации, и уже со 2 октября 1944 года начались занятия в прежних помещениях.

Великая Отечественная война вступила в завершающий период. В этой обстановке по приказу заместителя Наркома обороны почти весь постоянный состав специальных кафедр и слушатели во главе с начальником академии генералом В.М. Филичкиным, 25 января 1945 года был командирован в действующую армию, в том числе на 1-й Белорусский фронт - 291 чел.; 2-й Белорусский фронт - 135 чел., 3-й Белорусский - 130 и 1-й Украинский - 319 чел., а всего 875 человек. Слушатели и офицеры академии были назначены на штатные должности или должности дублеров командиров взводов, рот, батальонов железнодорожных и дорожных войск, в органы ВОСО и дорожную службу. Все крупные мосты железнодорожные и ряд автодорожных мостов через реки Варта, Одер, Шпрее и ряд каналов разведывались, проектировались и восстанавливались с участием офицеров академии.