Государственный Комитет Обороны, о создании которого Сталин объявил в своей речи от 3 июля, отвечал не только за ведение войны, но и за «быструю мобилизацию всех сил страны». Многие решения, принятые им в те критические дни, имели огромное значение. Они затрагивали всю область организации экономики военного времени, включая мобилизацию и эвакуацию целых отраслей промышленности, а также перестройку вооруженных сил.

В военной области Государственный Комитет Обороны решил несколько децентрализовать систему командования, разделив огромный фронт на три главных сектора, каждый со своим командованием. К.Е. Ворошилов был назначен главнокомандующим войсками Северо-Западного направления с подчинением ему Северного и Северо-Западного фронтов, а также Северного и Балтийского флотов, С.К. Тимошенко - Западного направления с подчинением ему Западного фронта и Пинской военной флотилии и С.М. Буденный - Юго-Западного направления с подчинением ему Юго-Западного и Южного фронтов и Черноморского флота. Членами Военных советов направлений были назначены соответственно А.А. Жданов, Н.А. Булганин и Н.С. Хрущев.

Широко известно «дело Павлова», который был расстрелян вместе со штабом. После неудач и отступлений на Западном фронте (что было и на всех других фронтах) ГКО вынес решения об «отстранении генерала армии Д.Г. Павлова от обязанностей командующего войсками Западного фронта». Мехлис был назначен членом военного совета этого фронта для наведения там порядка. И он навел порядок. Не в боевых действиях войск, а характерным для Мехлиса способом.

При всем уважении к Сталину и понимании его ответственности за судьбу страны и армии, скажем прямо: не было необходимости принятия таких экстраординарных, крутых мер в той ситуации. В данном случае Сталин чересчур доверился Мехлису и перегнул палку. Автором грозных обвинений и расстрельных мер был Мехлис.

Зададим только один вопрос: у кого, на каких участках фронта в первую неделю войны не было таких же бед, как у Павлова (30 июня 1941 года Павлов был уже отстранен)? Подобные обвинения можно было предъявить очень многим, кто отступал, терял управление и оружие. Другим фронтам просто повезло в том, что у них не побывал Мехлис. Павлова и его соратников позднее реабилитировали, следовательно, их жизни на совести Мехлиса.

Любопытны (и правильны) наблюдения Хрулева, из его рукописи:
«Мои взаимоотношения, как начальника тыла, с членами военных советов фронтов, всегда были самыми деловыми, товарищескими, и большинство членов военных советов фронтов всегда в случае надобности обращались ко мне с просьбами или за советами, или еще по каким-либо другим вопросам, и мы находили общий язык, никогда не обостряя отношений. Исключение составляли два члена военных советов фронтов: Мехлис и Булганин… Особенно в этом отличался Мехлис.

Однажды был такой курьезный эпизод: примерно в конце 1943 года Сталин собрал нескольких командующих фронтами с первыми членами военных советов для обсуждения больших вопросов и проведения крупных военных операций. Когда, видимо, дело подходило уже к концу (я при этом не присутствовал), Сталин задал вопрос командующим и членам военных советов:
— У кого есть какие претензии к вопросам материального обеспечения?
Ни один из командующих и членов военных советов никаких претензий не заявил, а  Мехлис сказал:

В 1930 году Хрулев был назначен начальником Центрального военно-финансового управления Наркомата по военным и морским делам,

В течение трех лет Хрулев навел в этой службе образцовый порядок, что было отмечено в приказе Реввоенсовета СССР от 23 апреля 1934 года:
«Огромный личный труд Андрея Васильевича по руководству финансовой службой Советских Вооруженных Сил…» В ноябре 1935 года ему присвоено звание корпусного комиссара, что по современным званиям соответствует генерал-полковнику.
После таких успехов вдруг Хрулева снимают с должности и выводят в резерв.

Как выяснилось позднее — это прикладывал свою черную руку Мехлис, который был тогда начальником Главного Политического Управления РККА Мехлис утверждал, что Хрулев замешан в военном заговоре Тухачевского и других.

Вот выписка из решения парткомиссии ПУРККА «Объявить строгий выговор с предупреждением за потерю политической бдительности, непринятие достаточных мер к ликвидации вредительства в строительном деле, за связь с врагами народа, за использование служебного положения в личных интересах, за неискренность перед парткомиссией».