Научная и научно-изыскательская работа в войсках ПВО и учебных заведениях столкнулась с проблемами в последнее десятилетие XX века. К середине 90-х годов почти все предприятия-смежники оказались неплатежеспособными, а не внедренные в срок научные разработки через 2-3 года - уже устаревшими. Усугублялось положение еще и тем, что коллективу ЦНИИ по 3-4 месяца не выплачивали заработную плату. Офицеры, являясь высококлассными специалистами, вынуждены были подрабатывать на стороне, перебиваясь случайными заработками. Командование института закрывало на это глаза.

Без сомнения, военная наука нужна, об этом не раз заявляли руководители государственных и военных органов. Но для этого создателям современного оружия следовало создать хотя бы самые элементарные условия.

Организация научной и финансово-экономической деятельности институтов на принципах хозрасчета и самофинансирования в сложившихся условиях ограниченности средств на содержание армии и флота не только экономически не оправдывала себя, но приносила дополнительные убытки смете Министерства обороны в виде штрафов, пени, отвлечения оборотных средств.

   После окончания Великой Отечественной войны перед профессорско-преподавательским составом академии встала задача путем научных исследований изучить и обобщить опыт транспортного обеспечения операций Великой Отечественной войны, дать анализ и сделать соответствующие выводы на дальнейшее, определить техническое оснащение войск для обеспечения соответствующих темпов восстановительных работ, разработать теоретические основы и практические рекомендации по подготовке и использованию всех видов транспорта. В результате разработки этих вопросов было написано более 70 статей, опубликованных в Сборниках по изучению опыта войны и различных журналах.

В период изменения структуры и численности Войск ПВО особенно актуальной проблемой являлось формирование научно обоснованного кадрового заказа на подготовку офицеров-выпускников. Представляется очевидным, что кадровый заказ должен определять качественные и количественные требования к вузам, в том числе к Академии ПВО по подготовке офицеров той или иной специальности (специализации). Возрастание значения данной проблемы привело к повышению роли Направления военного образования Войск ПВО в решении задачи подготовки военных кадров.

Направлением военного образования Войск ПВО проводилась значительная работа совместно с Организационно-мобилизационным управлением Главного штаба Войск ПВО и Управлением кадров Войск ПВО по уточнению и корректировке классификатора специальностей и специализаций для подготовки офицерских кадров. До середины 90-х годов имелось 90 специальностей и специализаций. На 1996 год осталось 42 специальности и 7 специализаций, в том числе для офицеров с высшим военным образованием - соответственно 14 и 2. Направлению военного образования удалось отстоять необходимость подготовки в 1997 году специалистов по 48 специальностям и 13 специализациям для Войск ПВО. Сроки обучения по основным образовательным программам определялись: для замещения первичных должностей - 5 лет, для специалистов в области управления - 3 года.