Начавшаяся Великая Отечественная война советского народа против германского фашизма прервала нормальную работу в академии, вынудив ее перейти на досрочные выпуски слушателей и ускоренную трех месячную подготовку новых, необходимых фронту командиров интендантской службы.

Генерал-майор Мидовский М.П., являвшийся с января 1941 года начальником академии, в августе был назначен заместителем начальника штаба Тыла Красной Армии, а в сентябре возглавил штаб Тыла. Прежний начальник академии, генерал-майор ПД. Давыдов заменил на посту Главного интенданта Красной Армии А.В. Хрулева, утвержденного начальником Тыла Красной Армии. Начальник Учебного отдела генерал-майор Н.П. Пухов назначен командиром 304-й стрелковой дивизии, а несколько позже - командующим 13-й армией. Начальник кафедры тактики генерал-майор В.В. Цыганов в сентябре 1941 года убыл командующим 38-й армией. Начальник кафедры армейского тыла генерал-майор И.И. Трутко назначен начальником тыла 26-й армии. Начальник кафедры снабжения генерал-майор В.П. Виноградов в декабре 1941 года назначен заместителем командующего войсками Западного, а с 1944 года - 3-го Белорусского фронта по тылу. Старший преподаватель кафедры снабжения генерал-майор Н.И. Драчев с началом войны был назначен интендантом Юго-Западного фронта, а с марта 1942 года - Главным интендантом Красной Армии.

Важнейшее место в процессе подготовки на факультете военных финансистов-экономистов принадлежит преподаванию гуманитарных и социально-экономических дисциплин, призванных формировать у слушателей фундаментальные мировоззренческие знания и ценности, широкий политический кругозор, умение экономически грамотно решать оборонные задачи. Кроме того, эти дисциплины ориентированы на воспитание у слушателей патриотизма, порядочности, честности и справедливости, чувства гордости и ответственности за избранную профессию военного финансиста-экономиста. Все эти задачи решались и решаются кафедрой гуманитарных дисциплин, в истории становления и развития которой можно выделить ряд этапов

Первый этап охватывает период с момента образования факультета в 1947 г. до 1952 г. и связан с его становлением и выпуском слушателей первого набора. В это время на факультете не было самостоятельной кафедры гуманитарного профиля и преподавание вели весьма известные обществоведы Московского финансового института. Перед ними стояла ответственная задача: за короткий срок сформировать учебно-методическую базу, лекционный фонд, осуществить разработку дидактических материалов.

   В военной обстановке Военно-транспортная академия должна была срочно направить часть личного состава в действующую армию и обеспечить подготовку инженеров в более короткие сроки по новым, переработанным учебным планам и программам. Предусматривалось до 31 декабря 1942 года выпустить из академии вторые-пятые курсы. Фактически пятый курс был откомандирован в действующую армию в начале июля 1941 года с выдачей дипломов об окончании академии.

В это же время в действующую армию была откомандирована большая группа руководящего и профессорско-преподавательского состава академии.

Начальник кафедры Военных сообщений бригадный инженер Г.Н. Высотский, комбриг Д.И. Танский и военинженер 1 ранга Г.М. Иосифов были назначены уполномоченными Генерального штаба Красной Армии на важнейшие железнодорожные узлы; полковник Н.Пунин утвержден заместителем начальника военных сообщений Северного флота. Старший преподаватель подполковник А.Л. Матвиевский возглавил автотранспортную и дорожную службу 55-й Армии Ленинградского фронта, а в последующем - АВТУ Юго-Западного, Сталинградского и Донского фронтов.

   Деятельность академии в Костроме совпала с периодом развертывания в стране мобилизации и обучения мощных резервов для Красной Армии. Довоенная система обучения в академии со сроком подготовки офицерского состава 4 - 5 лет для решения этой задачи не годилась. Поэтому при академии, по директиве Генерального штаба, были организованы краткосрочные курсы по подготовке военных специалистов командных инженерных кадров из лиц, окончивших гражданские ВУЗы, а также курсы усовершенствования среднего и старшего офицерского состава, призванного в армию из запаса. Основные факультеты академии вместо 4 - 5 лет были переведены на одно и двухгодичный срок обучения и комплектовались из студентов 2 - 4 курсов гражданских ВУЗов родственных специальностей. Численность курсов была значительно больше числа слушателей всех основных факультетов академии.

Основная тяжесть подготовки слушателей академии легла на плечи профессорско-преподавательского состава военно-специальных кафедр, поскольку, ввиду сокращения сроков обучения, общеобразовательные дисциплины из учебного плана были исключены.

   В связи с решающими победами Красной Армии на фронтах Великой Отечественной войны открылась возможность возвращения Академии в город Ленинград. В соответствии с приказом Народного Комиссара Обороны N 150 от 18 августа 1944 года Академия возвратилась в место прежней дислокации, и уже со 2 октября 1944 года начались занятия в прежних помещениях.

Великая Отечественная война вступила в завершающий период. В этой обстановке по приказу заместителя Наркома обороны почти весь постоянный состав специальных кафедр и слушатели во главе с начальником академии генералом В.М. Филичкиным, 25 января 1945 года был командирован в действующую армию, в том числе на 1-й Белорусский фронт - 291 чел.; 2-й Белорусский фронт - 135 чел., 3-й Белорусский - 130 и 1-й Украинский - 319 чел., а всего 875 человек. Слушатели и офицеры академии были назначены на штатные должности или должности дублеров командиров взводов, рот, батальонов железнодорожных и дорожных войск, в органы ВОСО и дорожную службу. Все крупные мосты железнодорожные и ряд автодорожных мостов через реки Варта, Одер, Шпрее и ряд каналов разведывались, проектировались и восстанавливались с участием офицеров академии.

   После окончания Великой Отечественной войны перед профессорско-преподавательским составом академии встала задача путем научных исследований изучить и обобщить опыт транспортного обеспечения операций Великой Отечественной войны, дать анализ и сделать соответствующие выводы на дальнейшее, определить техническое оснащение войск для обеспечения соответствующих темпов восстановительных работ, разработать теоретические основы и практические рекомендации по подготовке и использованию всех видов транспорта. В результате разработки этих вопросов было написано более 70 статей, опубликованных в Сборниках по изучению опыта войны и различных журналах.