Работа тыла Красной Армии и железнодорожного транспорта органически переплетались в единую систему. Ведомственные перегородки между НКО и НКПС стерлись сами по себе.

В кабинете Наркома путей сообщения непрерывно происходили встречи с руководителями промышленных наркоматов, ответственных за военные поставки, с начальниками довольствующих управлений НКО, членами Военных советов и начальниками тыла фронтов.

Сюда вызывались Главный интендант и начальники снабжения родов войск. Время не ждало, и поэтому тут же на месте принимались конструктивные решения любого возникшего вопроса. Распоряжения сразу передавались по телефону.

Любопытны (и правильны) наблюдения Хрулева, из его рукописи:
«Мои взаимоотношения, как начальника тыла, с членами военных советов фронтов, всегда были самыми деловыми, товарищескими, и большинство членов военных советов фронтов всегда в случае надобности обращались ко мне с просьбами или за советами, или еще по каким-либо другим вопросам, и мы находили общий язык, никогда не обостряя отношений. Исключение составляли два члена военных советов фронтов: Мехлис и Булганин… Особенно в этом отличался Мехлис.

Однажды был такой курьезный эпизод: примерно в конце 1943 года Сталин собрал нескольких командующих фронтами с первыми членами военных советов для обсуждения больших вопросов и проведения крупных военных операций. Когда, видимо, дело подходило уже к концу (я при этом не присутствовал), Сталин задал вопрос командующим и членам военных советов:
— У кого есть какие претензии к вопросам материального обеспечения?
Ни один из командующих и членов военных советов никаких претензий не заявил, а  Мехлис сказал:

В конце ноября 1939 года Англия и Франция спровоцировали советско-финляндский конфликт. Образовался Северо-Западный фронт. Все внимание Хрулева было сосредоточено на обеспечении войск фронта материально-техническими средствами, и предложение Горецкого было забыто. Однако сама жизнь вскоре напомнила о нем сразу же после окончания боевых действий, которые вскрыли ряд серьезных недостатков в организации и работе тыла.

Так в самом начале войны некоторые участки железных дорог, особенно Волхов—Тихвин и Волховстрой—Петрозаводск, были забиты железнодорожными составами. Причина заключалась не только в их малой пропускной способности, но и в недостатках планирования подачи снабженческих транспортов. Это могло отрицательно сказаться на снабжении фронта.

Трудности в работе Управления начальника снабжения Красной Армии усугублялись и тем, что аналогичных органов снабжения ни в военных округах, ни в Северо-Западном фронте, ни в армии не существовало. Опереться в своей работе ему было не на кого. Сведения об обеспечении войск материальными средствами поступали в центр нерегулярно, а без них нельзя было наладить нормальное снабжение. Малочисленный и к тому же не полностью укомплектованный аппарат

Управления снабжения явно не соответствовал тем задачам, которые на него возлагались. Это наглядно показал опыт боевых действий, зимой 1939—1940 годов. В такой обстановке А.В. Хрулев принимает решение ходатайствовать перед Народным Комиссаром Обороны о создании Главного интендантского управления. В августе 1940-го такое управление было создано, возглавил его Хрулев. В этом же году Хрулеву присвоено звание генерал-лейтенант.

Знакомясь с документами и делами своей новой службы Андрей Васильевич Хрулев приказал одному из своих сослуживцев — капитану Скрябину разыскать в Москве Горецкого Константина Ефимовича. А Горецкий был царский генерал-майор, до революции — Главный интендант русской армии.

Узнай Мехлис об этой встрече, уже точно не поздоровилось бы Хрулеву.

Горецкого разыскали, пригласили к Хрулеву. Состоялся такой вот разговор.
После обмена взаимными приветствиями и двухминутной беседы о здоровье и житьебытье Хрулев сказал:

Константин Ефимович, я хотел бы поговорить с вами вот по какому вопросу. Месяц назад меня назначили начальником снабжения Красной Армии. Должность для меня новая, незнакомая. У вас же большой опыт руководства органами снабжения, посоветуйте, как лучше наладить работу.

А какие службы вам подчинены, какими видами снабжения будете ведать?— в свою очередь спросил К.Е. Горецкий.

Хрулев, умолчав о структуре управления, ответил неуверенно:
По идее Управление должно снабжать армию вооружением, боеприпасами, военно-техническим и инженерными имуществом, продовольствием и фуражом, вещевым и обознохозяйственным
имуществом.

В общем, всем тем, чем вы ведали в свое время.

Горецкий подумал, посмотрел на Хрулева, словно прикидывая, не обиделся бы, и сказал:
—       Не справитесь вы с этим делом, Андрей Васильевич. Вы берете на себя непосильную задачу. Время теперь не то, и армия другая. Когда я занимался снабжением, в армии была трехдюймовая пушка, чуть побольше калибром гаубицы, пулемет «максим» да винтовка. Вот и все вооружение. Ни самолетов, ни танков, ни автомашин, ни прочей техники тогда в таком огромном количестве не было. Ездили мы на лошадке.

В 1930 году Хрулев был назначен начальником Центрального военно-финансового управления Наркомата по военным и морским делам,

В течение трех лет Хрулев навел в этой службе образцовый порядок, что было отмечено в приказе Реввоенсовета СССР от 23 апреля 1934 года:
«Огромный личный труд Андрея Васильевича по руководству финансовой службой Советских Вооруженных Сил…» В ноябре 1935 года ему присвоено звание корпусного комиссара, что по современным званиям соответствует генерал-полковнику.
После таких успехов вдруг Хрулева снимают с должности и выводят в резерв.

Как выяснилось позднее — это прикладывал свою черную руку Мехлис, который был тогда начальником Главного Политического Управления РККА Мехлис утверждал, что Хрулев замешан в военном заговоре Тухачевского и других.

Вот выписка из решения парткомиссии ПУРККА «Объявить строгий выговор с предупреждением за потерю политической бдительности, непринятие достаточных мер к ликвидации вредительства в строительном деле, за связь с врагами народа, за использование служебного положения в личных интересах, за неискренность перед парткомиссией».

В конце 1941 года, еще до битвы за Москву, началась длительная тяжба генерала Хрулева с начальником Главного управления формирования и укомплектования войск Красной Армии (он же зам. наркома обороны) армейским комиссаром 1-го ранга Е.А. Щаденко (Дискутировать с ним было очень трудно: Ефим Афанасьевич был авторитетной фигурой — член партии с 1904 года, в Гражданскую войну — член Реввоенсовета Первой конной армии С.М. Буденного.)

Ввиду больших потерь в первые месяцы войны, Щаденко искал возможности для возмещения этих потерь и формирования новых частей. Одну из таких возможностей он определил в сокращении штатов медицинских учреждений и расформировал 177 медицинских учреждений.